دوره دوم : اين دوره به دو قرن چهارم و پنجم هجرى اختصاص دارد كه شاگردان دوره اول يا شاگرد شاگردان آنها مىباشند . در قرن چهارم رونق حوزه علميه رى حوزه علميه قم را تحت‌الشعاع قرار داد چرا كه با وجود شخصيت‌هايى چون شيخ صدوق در رى دانشجويان اسلامى رى را بر قم ترجيح مىدادند . لذا دانشمندان حوزه رى و قم نوعى تبادل فرهنگى داشتند و شايد از اين روست كه مورخين تاريخ قم و رى ، برخى از دانشمندان اين دوره رابه شهر خويش منسوب مىدارند . دوره سوم : اين دوره از قرن ششم تا قرن نهم هجرى را شامل است حوزه علميه قم در اين دوره از وضع مناسبى برخوردار نبود و مردم آن بارها قتل عام شده و شهر روبه ويرانى نهاد ، هر چند مدتى نيز پايتخت تيموريان بود . بدين ترتيب ركود علمى از قرن ششم شروع شد و در قرن نهم علماى قم با اخذ تدابير زيركانه به مقابله با ركود فرهنگى برخاستند و در صدد تحكيم پايه‌هاى علمى در حوزه پرسابقه قم برآمدند . دوره چهارم : اين دوره از قرن دهم شروع مىشود و تا قرن سيزدهم معاصر با سلسله‌هاى صفويه افاغنه ، افشاريه ، زنديه ، و قاجاريه امتداد مى يابد . نخستين بخش از اين دوره معاصر با سلسله صفويه است كه با مهاجرت علماى شيعه جبل عامل لبنان به ايران و نشر تفكر اصولى شيعه همراه بوده است . در اين دوره با تاسيس مدارس شيعى در اصفهان و ديگر شهرهاى ايران چون قم ، شيراز ، قزوين و مشهد دانش‌هاى دينى و تفكر شيعى و از آن جمله علوم عقلى - فلسفه و كلام - رو به رشد گذاشت . با رشد اخبارى گرى در حوزه اصفهان نه تنها علماى اصولى اين حوزه را ترك كردند بلكه برخى از دانشمندان علوم عقلى نيز از اين ديار رانده شدند . فيلسوف پرآوازه صدرالدين شيرازى مشهور به « ملاصدرا » در اين زمره قرارداشت . هجرت صدر المتالهين شيرازى از اصفهان به قم باعث رونق دانش‌هاى عقلى در حوزه علميه قم گرديد و با پرورش شاگردان و تاليفات خويش زمينه پذيرش تفكر اصولى را در اين حوزه فراهم ساخت . دوره پنجم : اين دوره از اواخر قرن سيزدهم شروع مىشود و تا عصر حاضر امتداد مىيابد . نقطه تحول اين دوره از زمانى آغاز مىشود كه حضرت آيت‌اللّه العظمى حائرى ( قدس سره ) در اين حوزه مسكن گزيد و با انفاس قدسيه خويش حوزه علميه قم را جانى تازه بخشيد و به « آيت‌اللّه مؤسس » شهرت يافت . ( سايت حوزه ، گنجينه معارف ، 1385 ش )